MR-skanning er baseret på et kraftigt magnetfelt, MR-spoler, kroppens protoner og en energi-impuls (RF-signal), der ændre vævsligevægten. Billeder dannes vha. impulsopsamling i MR-spolen når vævene bringes tilbage til ligevægt.
MR er uden kendt risiko bortset fra ved evt. kontrastindgift til svært nyresyge patienter.
Ulemper ved MR-skanning er at undersøgelsen tager relativt lang tid og er ikke altid mulig hos patienter med pacemaker, aneurismeclips, klaustrofobi mm.
De MR-spoler, som anvendes til billeddannelsen afhænger af hvilket område, der skal undersøges. Spolen til rygundersøgelse er sædvanligvis i lejet, medens undersøgelse af mindre ledområder såsom knæ- og skulderled kræver en lille spole i tæt kontakt med det område som undersøges, som vist på eksemplerne nedenfor.